Balyoz tahliyeleri ardından yapılan değerlendirmelerden en ilginci sanırım Prof. Sedat Laçiner'e ait; Laçiner, Anayasa Mahkemesi'nin Balyoz Davası sanıkları için yeniden yargılama kararının ardından gelen tahliyeleri "derin devletle mücadelenin sonu" olarak yorumladı. Laçiner gibi düşünenlerin sayısı kuşkusuz az değil. Bunun nedeni 2007-2011 arası yürütülen darbe soruşturmalarının aynı zamanda Türkiye'nin derin devletiyle hesaplaşması olarak da algılanışı. Tutuklanan, mahkûmiyet alan isimlerin şimdi serbest bırakılması, haliyle derin devletle hesaplaşmanın bitmesi biçiminde anlaşılabilir. 

Bu değerlendirme ve bakış açısı, Ergenekon ve Balyoz Davası gibi büyük siyasi soruşturmaların doğrudan Türkiye'nin derin devletiyle hesaplaşması olarak varsayılmasından kaynaklanıyor. Oysa bu büyük soruşturmaların hiçbiri tek başına "Türkiye'nin derin devletiyle hesaplaşması" anlamına gelmez. Siyasal iktidar ve kamuoyu bu soruşturmalara derin devletle hesaplaşma anlamı yüklemiş olsa bile, sürecin hiç de öyle gitmediği zamanla ortaya çıktı. Görüldü ki, bu davalar, derin devletle hesaplaşma ve temiz toplum yaratma adına değil, devletin güç yapısını değiştirmek için kullanıldı. Emekli darbeciler üzerinden başlatılan tasfiyelerle devleti yeni bir güç kontrol etmeye başladı. Çaptan düşmüş eski derin devletin yerine zinde güçler yerleştirildi, yeni bir derin devlet ortaya çıktı. 

Hrant Dink cinayeti, Rahip Santoro ve Malatya Zirve katliamları gibi Roboski faciasının arkasındaki izler yeni derin devletin istihbaratçılarını işaret ediyor. Kritik davalar, devleti ele geçirmek isteyen yeni yapı tarafından kullanıldı. Söz konusu suikast davaları ve darbe soruşturmaları dikkatle incelendiğinde işaretlerin Emniyet ve Yargı içine sızmış yeni derin devleti gösterdiği görülecektir. 

2007'de başlatılan büyük soruşturmalar, kamuoyuna Türkiye'nin derin devletiyle hesaplaşması olarak sunuldu. Medyada köşe başını tutan önemli isimler, bu soruşturmaları halka böyle anlattı. Polis fezlekelerine ve savcılık iddianamelerine dayanılarak büyük bir hikâye yaratıldı; Türkiye’de derin devletin tasfiye edildiği, temiz toplumun kurulduğu yönünde...

O polisler, savcılar ve hâkimler 17 Aralık'ta hükümete darbe yapmaya kalktığında bu büyük hikâye de çöktü (Bu hikâyenin kurucularının bugün ortalıkta görünmemesi de ayrıca manidar). Asıl derin devlet, bu soruşturmaları yürüten Emniyet ve Yargı'daki güçlerdi, yoksa eski darbe hayali kuran emekli askerler değil. Derin devlet geçmişte asker merkezliydi, bu kuruma dayanarak faaliyetlerini koordine ve icra ediyordu. Ancak yeni derin devlet Emniyet ve Yargı'yı ele geçiren, medya ve iş dünyasına sızan, sağ ve sol kimliğe sahip çok sayıda sivil toplum örgütü kuran, sağcıların, solcuların, Alevilerin, cemaatlerin, Kürtlerin içine sızan daha derin bir yapıdır. 

Balyoz tahliyeleri, derin devletle mücadelenin sonu anlamına gelmiyor. Türkiye, yeni derin devletiyle (paralel devletle) mücadeleye asıl şimdi başlamıştır. 17 Aralık, bu mücadelenin miladıdır. Asıl derin devlet başbakandan generallere kadar herkesi dinleyen, şantaj yapan, sahte deliller üreten, darbe yapmaya kalkan paralel yapıdır. 17 Aralık darbesinin en hayırlı yanı da Türkiye'nin asıl derin devleti keşfetmesidir. Hesaplaşılması gereken güç de yeni dönem derin devleti oluşturan paralel yapıdır, emekli askerler değil.